各級學校設立之「員工消費合作社」或「教職員生餐廳」，依「自營辦理」或「招商承辦」之不同經營型態而有不同稅務規定之適用，說明分析如下：
1.自營辦理：
(1)營業稅
依《加值型及非加值型營業稅法》(以下簡稱《營業稅法》)第8條第1項第10款之規定：「合作社依法經營銷售與社員之貨物或勞務及政府委託其代辦之業務」經營者，得免徵營業稅。
(2)營業事業所得稅
依《所得稅法》第4條第1項第14款之規定：「依法經營不對外營業消費合作社之盈餘」免納所得稅。
但仍須辦理營利事業所得稅結算申報。
財政部87年10月14日《台財稅第871969523號函》已規定，各級學校員生消費合作社應依《所得稅法》第71條規定辦理結算申報，並依同法第77條規定使用〈營利事業所得稅結算申報書〉。故消費合作社仍應於每年5月31日前向管轄國稅局辦理營利事業所得稅結算申報，由國稅局查核認定徵免。
惟財政部基於簡化稽徵及解決填寫申報書困擾之考量，於93年12月2日發布《台財稅字第09304547160號令》，規定各級學校員生消費合作社辦理營利事業所得稅結算申報時，得以其向主管機關申報之年終〈決算書表〉另抄一份簽名蓋章後，附於營利事業所得稅結算申報書內，申報該管稽徵機關，申報書各欄及附表得免填寫。
但如有部分對外營業情事，即不符合「依法經營不對外營業」的免稅要件，應按其當年度全部所得予以課稅。
2.招商承辦(商號)： (1)營業稅
依《商業登記法》第5條之規定，每月銷售額未達營業稅起徵點者，得免申請辦理營業(稅籍)登記，毋需繳納營業稅。目前買賣業小規模營業人營業稅起徵點，依財政部95年12月22日《台財稅字第09504553860號令》之規定為每月銷售額新臺幣8萬元。
但是一旦當月銷售額超過課稅標準，仍應向國稅局辦理稅籍登記並課徵營業稅。
小規模營業人，依《營業稅法》第13條及第32條之規定，係指規模狹小，平均每月銷售額未達財政部規
定標準而按查定課徵營業稅之營業人。得掣發普通收據，免用統一發票。依財政部75年7月12日《台財稅第7526254號函》，訂定營業人使用統一發票銷售額標準為平均每月新臺幣20萬元。
營業人未依規定申請營業登記者，依《營業稅法》第45條之規定，除通知限期補辦外，處新臺幣3千元以
上3萬元以下罰鍰；逾期仍未補辦者，得連續處罰。
(2)營業事業所得稅
依《所得稅法》第5條之規定，營利事業全年課稅所得額在新臺幣12萬元以下者，免徵營利事業所得稅。
依《所得稅法》第14條第1項第1類之規定，合夥人應分配之盈餘總額或獨資資本主經營獨資事業所得之
盈餘總額皆屬營利所得，應按核定之營利事業所得額計算之。另依《所得稅法》第71條之規定，獨資、合夥組織之營利事業應辦理結算申報營利事業所得額，但無須計算及繳納其應納之結算稅額，依本法規定課徵綜合所得稅。
3.彙總整理：
| 各級學校設立之 員工消費合作社 | 營業稅 | 所得稅 |
| 學校自營辦理 | 免徵營業稅，免辦理營業(稅籍)登記。 | 免徵營所稅，但仍須辦理結算申報。 |
| 招商委外承辦(商號) | 1.每月銷售額新臺幣8萬元以下(未達營業稅起徵點)，免辦理營業(稅籍)登記，免開立統一發票、掣發普通收據，免徵營業稅。 2.每月銷售額新臺幣8～20萬元以下，應辦理營業(稅籍)登記，免開立統一發票、掣發普通收據，由稽徵機關查定課徵營業稅。 3.平均每月銷售額新臺幣20萬元以上，應辦理營業(稅籍)登記，由營業人按期自行申報繳納營業稅。 | 1.年課稅所得額在新臺幣12萬元以下，免徵營所稅。 2.獨資、合夥之營利事業應辦理結算申報營利所得，併入綜合所得課徵綜所稅。 |
4.相關案例：
【資料來源：財政部】
(1)消費合作社有對外營業者，當年度全部所得均應課稅 (99/06/02)
依法經營不對外營業消費合作社的盈餘，免納所得稅。但如有部分對外營業情事，即不符合『依法經營不對外營業』的免稅要件，應按其當年度全部所得予以課稅。
甲消費合作社93年度營利事業所得稅結算申報，列報免稅所得140餘萬元，經國稅局以該合作社有部分對外營業情事，不符合免稅要件，核定其免稅所得 0元。甲消費合作社主張應依財政部80年12月30日台財稅第801261930號函規定，按其對社員及非社員的營業收入區分應稅及免稅所得，提起行政救 濟，但遭財政部訴願決定駁回。
財政部駁回理由指出，甲消費合作社93年度有部分對外營業，自不符合所得稅法第4條第1項第14款規定「依法經營不對外營業」的免稅要件，當年度所 得即應全部課稅。至於該合作社所援引的函釋規定，是規範合作社及員工福利機構兼營對非社員或對外銷售貨物、勞務者，如何課徵營業稅的情形，與本件課徵所得稅的情形有別，當然無法適用，因此駁回該合作社的訴願。
(2)學校員工消費合作社或員生餐廳如係招商承辦則無免稅之適用 (77/01/08)
財政部77/01/08台財稅第761139088號函
主旨：各級學校設立之員工消費合作社或教職員生餐廳，依照營業稅法第八條第一項第十款規定經營者，始得免徵營業稅，如係招商承辦者，則無免稅規定之適用，應依法 課稅。
說明：二、據報國立××大學設有四個員生餐廳，專供該校員生使用，目前經營型態係由學校負責提供營業場所設備，聘請經理，在該校員生餐廳組織章程所 設立之伙食指導委員會監督下經營。有關餐廳收支盈虧，營運資金及廚工僱用，均由經理人負責，學校本身不提供資金，亦不負盈虧責任。上項之經營方式，經理人 名義上屬受聘，但實質上並未支領薪津，而係自行經營與承擔盈虧；該經理人承包經營學校餐廳，與一般營業人無異，應按營業稅法第六條及第二十八條規定辦理營 業登記，課徵營業稅。