一、事實概要
原告因前述改按工業用地特別稅率千分之10計徵地價稅申請，遲未獲被告核定准許，乃復於99年9月21日填具工業（廠）用地申請書，請求依土地稅法第18條規定核定系爭土地按千分之10稅率課徵地價稅，經被告高市稽港地字第0998714987號函以其工廠登記證已於99年8月20日申請註銷，系爭土地至最後審核基準日並無工廠登記證，不符合土地稅法施行細則第14條第1項第1款規定，而否准其請。原告再於同年11月1日檢送高雄市政府99年10月22日高市府經一工字第0990153137號函核准工廠登記之相關資料予被告，主張系爭土地及廠房自購入後即領有工廠登記證，並未變更使用，係因99年6月25日辦理產業類別及廠名變更登記手續而繳回，並非註銷工廠登記證。案經被告重新審查後，以高市稽港地字第0998716973號函復略以：「五、貴公司於99年9月21日申請旨揭土地按工業用地稅率課徵地價稅乙案，依上揭高雄市政府經濟發展局函示，貴公司原產業類別為食品飲料製造業之工廠登記證，業於99年8月20日申請註銷在案，故該土地從申請日（99年9月21日）至最後審核基準日（因99年9月22日適逢中秋假期，故延後一天為9月23日）並無工廠登記證，與經核於審查基準日尚未符合適用工業用地稅率要件，故99年無法照准，仍按一般用地稅率課徵地價稅。
二、勝訴關鍵
（一）依土地稅法規定，得適用特別稅率之用地，於適用特別稅率之原因、事實消滅時，應自其原因、事實消滅之次期起恢復按一般用地稅率課徵地價稅。
（二）公司所有坐落工業區或工業用地之土地，如原持工廠登記證向稅捐稽徵機關請准按工業用地課徵地價稅，而嗣後工廠登記證被註銷，則參照工廠管理輔導法第20條．．．其工廠用地即屬未依原核定之規劃使用，亦即其適用特別稅率課徵地價稅之原因、事實消滅，依土地稅法第41條第2項規定，土地所有權人應即向主管稽徵機關申報，並自次年（期）起改按一般用地稅率課徵地價稅。
（三）財政部函釋：OO公司於註銷工廠登記後，將所有OO地號等3筆經核准按工業用地稅率課徵地價稅之土地，租予OO公司使用，如經查明仍符合工業用地有關規定，應准繼續適用工業用地稅率課徵地價稅。
（四）財政部函釋，顯足供被告判斷原告確為興辦工業人，且系爭土地之廠房係用於物品之製造、加工使用。準此以言，原告縱尚未取得工廠登記證，被告亦可依建廠期間檢附建造執照或其他相關文件之方式，准就系爭土地按工業用地稅率課徵地價稅，被告就此於當事人有利之情形，未予注意援引有利於當事人之法規，竟否准原告申請按工業用地稅率課徵系爭土地99年地價稅，難謂合法。
三、相關法規
（一）行政程序法第9條：
行政機關就該管行政程序，應於當事人有利及不利之情形，一律注意。
（二）土地法第18條（工業用地等之稅率）：
供左列事業直接使用之土地，按千分之十計徵地價稅。但未按目的事業主管機關核定規劃使用者，不適用之：
一、工業用地、礦業用地。
二、私立公園、動物園、體育場所用地。
三、寺廟、教堂用地、政府指定之名勝古蹟用地。
四、經主管機關核准設置之加油站及依都市計畫法規定設置之供公眾使用之停車場用地。
五、其他經行政院核定之土地。
在依法劃定之工業區或工業用地公告前，已在非工業區或工業用地設立之工廠，經政府核准有案者，其直接供工廠使用之土地，準用前項規定。
第一項各款土地之地價稅，符合第六條減免規定者，依該條減免之。
（三）土地法第41條（適用特別稅率之申請）：
依第十七條及第十八條規定，得適用特別稅率之用地，土地所有權人應於每年 (期) 地價稅開徵四十日前提出申請，逾期申請者，自申請之次年期
開始適用。前已核定而用途未變更者，以後免再申請。
適用特別稅率之原因、事實消滅時，應即向主管稽徵機關申報。
（四）土地稅法施行細則第14條
土地所有權人，申請適用本法第十八條特別稅率計徵地價稅者，應填具申請書，並依左列規定，向主管稽徵機關申請核定之：
一、工業用地：應檢附工業主管機關核准之使用計畫書圖或工廠設立許可證及建造執照等文件。其已開工生產者，應檢附工廠登記證。
二、其他按特別稅率計徵地價稅之土地：應檢附目的事業主管機關核或行政院專案核准之有關文件及使用計畫書圖或組織設立章程或建築改
良物證明文件。
核定按本法第十八條特別稅率計徵地價稅之土地，有左列情形之一者，應由土地所有權人申報改按一般用地稅率計徵地價稅：
一、逾目的事業主管機關核定之期限尚未按核准計畫完成使用者。
二、停工或停止使用逾一年者。
前項第二款停工或停止使用逾一年之土地，如屬工業用地，其在工廠登記證未被工業主管機關註銷，且未變更供其他使用前，仍繼續按特別稅率計徵地價稅。
依第二項第二款規定應改按一般用地稅率計徵地價稅之案件，至中華民國八十九年九月二十二日尚未核課或尚未核課確定者，適用前項規定。